Ege bölgesindeki ilk yapılaşmadaki mimari üslubu korunmuş ender konaklardan biri olan Çakırağa Konağı, Şerif Aliağa tarafından yaptırıldığı genel kanıdır. Uzun yıllar harap bir durumda kaldıktan sonra 90’lı yılların başında restore edilip müze haline getirilen Çakırağa Konağı Türk mimarisinde Osmanlı gündelik yaşamının anlaşılmasında önemli bir kaynaktır.

Ahşap Türk evlerinin en güzel örneklerinden olan Konak, çiçeklerle bezeli bahçenin ucunda, yoldan görülmeyecek şekilde yüksek duvarlarla korunmakta, 1761 yılında zengin bir tüccar olan Çakıroğlu Mehmet Bey tarafından yaptırılan konak üç katlıdır. Alt katta taşlık, mutfak, ahır, misafir bekleme odası vardır. İkinci kat kışlık kullanıldığından daha korunaklıdır.Bütün odaların geniş bir sofaya baktığı konak, şömineyle ısınmaktadır. Odalardaki duvar ve tavan süslemeleri kalem işleri, ahşap oymacılık kayda değerdir. Misafir odalarında yıkanma bölümleri vardır. Merdiven kapağını kaldırarak üçüncü kata çıkılmaktadır (yazlık kat). Daha aydınlık ve kalem işleri bakımından daha zengin olan katta, iki de duvar resmi vardır.
Çakıroğlu Mehmet Bey, biri İzmirli, diğeri İstanbullu iki hanımla evlenmiştir. Hanımlar memleket hasreti çekmesin diye, odaların duvarlarına İzmir ve İstanbul’un birer görüntüsünü yaptırmıştır. Resimler, hem kentlerin o günkü görüntülerini vermesi açısından, hem de resim sanatı yönünden son derece önemlidir. İçi olduğu kadar dışı da çiçek ve motiflerle bezeli konak pek çok turistin ilgi odağı konumundadır.

1977 yılında T.C. Kültür Bakanlığı tarafından restorasyona başlanmıştır. 1983 yılında çevresi kamulaştırılarak özgün mimari dokunun korunması sağlanmıştır. Birinci dönem restorasyon ve çevre düzenlemesi çalışmaları 1993 yılında Anıtlar ve Müzeler Genel Müdürlüğü, İzmir Anıtlar Genel Müdürlüğü, İzmir Röleve ve Anıtlar Müdürlüğü tarafından tamamlanmıştır.İç düzenleme ve teşhir çalışmaları İzmir Arkeoloji Müzesi ve Ödemiş Müzesince yapılmıştır.