İsmi ile İzmir’de kurucularının hangi ülkeden göç ettiklerini belirten tek sinagog Portekiz Sinagogu’dur. Bu sinagogun 1569 yılında Kuzey Afrika ve Venedik’ten göç etmiş Portekiz asıllı Yahudiler tarafından kurulduğu tahmin edilir.

Hahambaşı Yosef Eskapa döneminde, yani 1620 yıllarında var olduğu bilinen altı adet sinagogdan biridir ve adı İzmir’de o dönemin en büyük sinagogu olarak geçer.

1665 yılında Sabetay Sevi’nin İzmir’e dönüşü ile yaşanan olaylarda Portekiz Sinagogu önemli bir yer tutmuştur. Sabetay karşıtlarının kalesi sayılan bu sinagog, Sabetaycı hareketin genişlemesi ile kapılarını Sabetay Sevi’ye kapatır. Buna karşı, Sabetay ve taraftarları sinagoga kapıyı kırarak girerler ve karşıtlarının önderleri olan hahamları kovarlar. Bunların arasında Algazi sinagogunun kurucularından Salomon Algazi de vardır. Sabetay Sevi bu baskında kendini Yahudilerin Mesihi ve kurtuluş gününü 18 Haziran 1666 olarak ilan eder. Portekiz sinagogu bundan sonra Sabetaycı hareketin merkezi olur ve İzmir Yahudilerinin geniş kısımları bu harekete katılır. Dünyanın değişik yerlerinden insanların İzmir’e gelip Sabetaycı harekete katılması ile genişleyen durum saraya bildirilir ve Sabetay’ın saraya çağırılması ile İzmir’deki isyan havası yatıştırılır.