İzmir'de ilk arkeoloji müzesi üç senelik eser toplama ve derleme çalışmalarından sonra 1927 yılında Basmane semtinde bulunan Ayavukla (Gözlü) Kilisesi'nde ziyarete açılmıştır. 1951 yılında Kültürpark'ta ikinci bir arkeoloji müzesi daha hizmete girmiştir. Çevresindeki antik kentlerden gelen eserlerin yoğun olmasından dolayı yeni bir müzeye ihtiyaç duyulmuştur. 

Bunun üzerine Konak'ta Bahribaba Parkı içinde 5000 m²lik bir alanda yeni ve modern bir müze binası inşa edilerek 11 Şubat 1984 yılında ziyarete açılmıştır.
Müze teşhir salonları, laboratuvarları, depoları, fotoğrafhanesi, kitaplığı, konferans salonu ile her türlü ihtiyaca cevap verebilecek şekilde düzenlenmiştir. Eserler müze binası içinde ve bahçede olmak üzere 5000'in üzerindedir. 
Üç katlı olan müze binasında teşhir, bölümler halinde hazırlanmıştır.

En Üst Kat Teşhir Salonları:
Müzenin bu salonun birinci galerisindeki eserler Batı Anadolu’nun çeşitli yerlerinde bulunmuştur. Cam, bronz, yüzük taşları ve pişmiş topraktan yapılmış heykelcik, çanak çömlek ve kandil gibi küçük boydaki eserler gruplandırılarak vitrinlerde sergilenmiştir. Bunlar tarih öncesi çağlardan Bizans dönemi sonuna kadar kronolojik bir düzen içerisinde yer almıştır. Eserlerin buluntu yerleri kesin olarak bilinmemektedir. Bu eserler müzeye bağış, müsadere, satın alma yollarıyla kazandırılmıştır.
Teşhir salonunun galerisindeki eserler kesin olarak bilinen ve bilim adamları tarafından yapılan arkeolojik kazılar sonucu ortaya çıkmış eserlerdir. Bunlar da eğitici ve öğretici olması amacıyla kendi içindeki kronolojik düzen içerisinde sergilenmiştir. Bu kısımdaki eserler, Eski İzmir, Çandarlı, Myrina, Foça, Erythrai, Lasos antik kentlerinde yapılmış olan arkeolojik kazılarda ortaya çıkmış eserlerdir.
Ayrıca aynı katta hazine dairesi bulunmaktadır. Bu bölümde ise altın mezar hediyeleri cam ve bronz eserleri Halikarnas’da bulunmuş olan bronz Demeter’i görebiliriz. Vitrinlerin bir kısmı Yunan ve Roma devirlerine ait altın sikkeler ile Venedik Dükalığı sikkeleriyle düzenlenmiştir.

Orta Kat Teşhir Salonu:
Müzenin giriş katı olan bu katta mermerden yapılmış heykel ve büstler ile heykel başı portreler sergilenmektedir. Salondaki bu eserler üst katta olduğu gibi kronolojik bir düzen içerisindedir. Salonlarda bulunan 8 adet vitrin içerisinde, yine mermerden yapılmış küçük boyutlardaki eserler kendi aralarında gruplandırılarak teşhir edilmiştir.
Salonun girişindeki Erythrai’de bulunmuş olan Kore Heykeli antik çağdaki büyük boy mermer heykellerin ilk örneklerinden olması nedeniyle Kyme’de bulunmuş olan Bronz Atlet Heykeli ise, bulunan ender bronz örnekler olduğundan ayrı bir önem taşımaktadır. Bu salon eserleri ile Batı Anadolu’yu tam anlamıyla temsil etmektedir.

Alt Kat:
Bu katın bir bölümü mezar kültürlerine ayrılmıştır. Diğer bölümlerde çeşitli tarihlerde pişmiş toprak ve mermerden yapılmış lahitler ve mezar stelleri sergilenmektedir. Lahitler arasında antik dünyada lahitleriyle ün yapmış, pişmiş toprak Klazomenai lahitleri görülebilir. Salondaki geç Helenistik mezar stelleri dünyanın en zengin koleksiyonlarındandır. Helenistik devrin önemli yapılarından ‘’Belevi Mezar Anıtı’’ tavan kaset kabartmaları da bu salondadır. Salon sonunda artık tamamen İzmir kentinin merkezinde kalmış olan, Agora Ören Yeri’nde bulunan Poseidon, Demeter ve Artemis’den meydana gelen yüksek kabartma heykel grubu güzel olduğu kadar İzmir’de bulunmuş olması nedeniyle salonun çarpıcı örnekleri arasında yer alır. Bu görünümü ile İzmir Arkeoloji Müzesi, Batı Anadolu’nun Prehistorik çağlardan bugüne kadar geçirdiği uygarlıklar ve kültür dönemleri hakkında yeterince bilgi vermektedir. Ayrıca antik devirlerin sanat anlayışını ve bu alandaki üstünlüğünü de örnekleriyle sergileyen Türkiye’nin belli başlı müzeleri arasında yerini alır.