Kolophon İonia'nın en eski ve en önemli kentlerinden biri idi. Kent, MÖ 7. yüzyılın sonunda ya da 6. yüzyılın başında yaşadığı bilinen İzmirli ya da bu kentin bir yerlisi olan, ozan Mimnermos'un bir şiirinde "Asya'nın büyüleyici kıyısı" üzerinde bulunan "sevimli Kolophon" olarak geçmektedir. Mimnermos aynı zamanda kentin Neleus'un öncülüğündeki Pyloslu göçmenler tarafından kurulduğunu belirtmektedir. İzmir, özünde bir Aeol kenti idi; sonradan belki de MÖ 8. yüzyılın ilk yarısında Kolophon'dan İonialıların gelişi ile, bir İon yerleşmesi olmuştur. Kolophonlular, topraklarının verimliliği ve denizcilikteki ustalıkları nedeniyle çok varlıklıydılar. Kentlilerin zenginliği, rahat yaşam biçimini aşırı lükse dönüştürdü. Zaman zaman lüks giysili ve misk kokusu sürünmüş olan binden fazla erkek agorada gezinirdi. Antik yazarların düşüncesine göre lüks yaşam, Kolophon'un gücünü yitirmesine neden olmuştur. Buna karşın, Kolophonlular, eskiden MÖ 8. ve 7. yüzyıllarda savaşçı olarak ve özellikle binici olarak ünlü idiler.
Kolophon, sırası ile Lydia'nın ve Perslerin egemenliği altına girmiştir. Önce Gyges 7. yüzyılın ilk yarısında Kolophon'u ele geçirmiştir. Daha sonra kent, 6. yüzyılın ikinci yarısında Pers yönetimi altına girdiği zaman önemini kaybetmiştir. Onun yerine Notion'daki kıyı yerleşmesi, yani "güneydeki kent" gelişmeye başlamıştır. Kolophon'da Persler hüküm sürerken, Notion'da bir süre için Atina tarafından yönetilmiştir. Thukydides Notion'un Kolophonlulara ait olduğunu belirtmektedir: Büyük İskender Anadolu'yu Pers egemenliğinden kurtardığı zaman iki kent bağımsızlıklarını yeniden kazandılar. Buna rağmen Lysimachos, Kolophonluları yeni kurulmuş bir kent olan Efes'te yaşamaya zorlamış, bunun üzerine de o zaman bazı Kolophonlular Notion'a taşınmışlardır. Böylece Kolophon çok zayıf bir duruma düşmüştür. Kolophon, Lysimachos'un ölümünden sonra 281 yılında yeniden inşa edilmiş ve Seleukoslar ile Attalosların yönetimi altında varlığını sürdürmüştür. Bu dönem sırasında Kolophon, "Arkaik Kolophon" yani "Eski Kolophon" olarak biliniyordu. Bu ününü de yitirdikten sonra Kolophon, yaklaşık 15 km. uzaklıkta, güneydeki Notion'a çekildi. Notion bundan sonra "Yeni Kolophon" ya da "Kıyıdaki Kolophon" olarak bilinmeye başladı. Her iki yerleşmenin gelişmesi, yeni Efes kenti tarafından büyük ölçüde engelleniyordu. Bu arada, 7. ve 6. yüzyıllarda parlak bir geçmişi olduğu bilinen Kolophon, önemini yalnızca Klaros'taki ünlü tapınak ile sürdürüyordu. Roma Çağı'nda kent bağımsızdı ve asıl merkezi Notion'un akropolü içinde bulunuyordu.