12 İon kentinden biri olan Klazomenai antik kentin bir kısmı Urla kemik hastanesinin bulunduğu Karantina adası üzerindedir. Kent karantina adasının karşısındaki Limantepe’den batıdaki Ayyıldız ve Cankurtaran tepeleri eteklerine kadar yayılmaktadır. Yerleşimin klasik devre ait nekropolü (mezarlık) Ayyıldız tepe ile Cankurtaran tepenin oluşturduğu zincirin batısında ve Klazomenai-Hypkremnos-Erythrai antik yolunun geçtiği bölgede yer almaktadır. Klazomenai antik kentinin prehistorik dönemi ile birlikte klasik dönemlerini de yansıtan Liman tepe Urla ilçesinde İskele mahallesinde, İzmir-Çeşmealtı yolu tarafından ikiye bölünmüştür. Limantepe ilk olarak 1950 yılında Ekrem Akurgal tarafından tespit edilerek tanıtılmış, 1979’da Güven Bakır tarafından sondaj kazılarına başlanmıştır. 1980 yılından itibaren de Hayat Erkanal tarafından kazılara devam edilmiştir.
Bugüne kadar yapılan kazı çalışmalarında en üstte Arkaik ve Klasik çağlar, daha sonra Geç Tunç Çağı olarak tanımlanan İ.Ö. 2. binin 2. Yarısına yerleştirilen tabaka yer almaktadır. İ.Ö. 3. bine tarihlenen Erken Tunç Çağı tabakasında, batı Anadolu sahil bölgesinde ilk şehircilik olayını ekonomik ve manevi açıdan Urla’da görmek mümkündür. Limantepe’de M.Ö.4.bine tarihlenen Kalkolitik Çağ izleri tespit edilmiştir. Klasik çağlarla birlikte en az 4000 yıllık bir tarihi yansıtan Limantepe, Ege sahil bölgesinin bilinen en eski ve uzun süreli yerleşimine sahip merkezi konumundadır.
Kazılar sonunda, Erken Tunç çağına tarihlenen Ege dünyasında koridorlu ev olarak tanımlanan, siyasi ve ekonomik otoriteyi temsil eden saray yapısının bir bölümü açığa çıkarılmıştır. Yine aynı döneme ait, koruma yüksekliği 6 metreye ulaşan şehir suru ortaya çıkarılmıştır. Orta Tunç Çağı’na tarihlenen yuvarlak tek mekanlı evler (oval ev) , çok sayıda fırın ve ocak yerleri küçük buluntular ile ele geçmiştir. Kentin önemi M.Ö. 6. Yüzyıla tarihlenen bir zeytinyağı işliğinin burada bulunmasıdır. Anadolu’da yabani zeytin bitkisinin ne zaman ıslah edildiği henüz bilinmiyor. Yapılan kazılar sırasında zeytinin içerdiği su ve ayrıştırma işleminde kullanılan ve sıcak suyun karıştığı zeytinyağını ayrıştırmaya yarayan toprak kaplar; zeytini ezmekte kullanılabilecek el havanları, öğütme taşları bulunmuştur. Bunlar büyük ölçekli yağ üretiminden çok, hane içi yağ gereksinmesini karşılayan taşınabilir basit aletlerdi. Ancak Klazomenai’de ortaya çıkarılanlar ise, büyük üretime yöneliktir. Kayaya oyulmuş, farklı işlevlere sahip 15 çukur bulunan bir işlik bulunmaktadır. Klazomenai’de kazısı tamamlanan zeytinyağı işliği dünyada bugün de kullanılan teknolojinin 2600 yıl önce ilk defa bu bölgede geliştirildiğini kanıtlıyor. Klazomenai’nin 1. Evresinde üretim kentin ve yakın çevresinin gereksinimini karşılamaya yönelikti. 2. Evrede, ihracat önem kazanmış görünüyor. Kazılarda bulunan Klazomenai’a özgü kuşak bezemeli amphoralar zeytinyağı ve şarap depolanmasında ve taşınmasında kullanmıştı, bu da MÖ 6.yy’da kentin dış ticaretinin gelişmiş olduğunun kanıtıdır. Klazomenai, diğer İon kentleriyle birlikte, Mısır’da Nil deltasında Naukratis adlı bir ticaret merkezinin kuruluşuna, ayrıca Miletos ile birlikte tüm Karadeniz sahillerine yayılan İon kolonilerinin kuruluşlarına katılmıştı.
Unilever Komili firmasının katkılarıyla, Klazomenai işliğinin İlk Çağ Zeytinyağı Teknolojisi Müzesine dönüştürülmesi düşünülmektedir.